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耶鲁大学历史悠久。当时的康涅狄格州立法机关在1701年10月9号通过《自由建立大学学院法案》，确立了一所新的大学学院的成立，而学院成立的目的则是为当地培养新一代的圣职者及领导人。很快，十位由当中的詹姆士·皮埃彭带领的公理会成员在康涅狄格州布兰福德（Branford, Connecticut）会首，聚集了众人的藏书，组成了学院的第一个图书馆。这些人同时也是哈佛大学的校友。

学院最初获命名为“大学学院”（Collegiate School），坐落于其第一任校长亚伯拉罕·皮尔森的家乡——现在的康涅狄格州克林顿镇（Clinton, Connecticut）上。^[12]大学后搬迁到旧塞布鲁克镇（Old Saybrook, Connecticut），接着到了韦瑟斯菲尔德（Wethersfield），最后终在1718年移到了现今的所在地纽黑文市。

与此同时，哈佛的第六任校长因克瑞斯·马瑟与学校其他的神职人员关系不和，马瑟认为这些神职人员过于自由、定下的教规过于宽松以及教政体制过于宽大。这种敌对的关系导致马瑟转向支持这所新成立的学院，希望这所学院能实现他眼中的、最正统的清教思想体制。^[13]

1718年，殖民地首长的指令下，因克瑞斯·马瑟的儿子科顿·马瑟联系了一名在威尔斯发展得不错的商人伊利胡·耶鲁，祈求对方能给予财政援助以扩建这所新成立的学院。最后，在当时第一名重要人物耶利米·达默（Jeremiah Dummer）的说服下，这位曾在印度贸易中得到了不少财富的不列颠东印度公司总裁终于答应捐出9包货物及417本书籍，另也有一幅英国国王乔治一世的扫描画像。那些货物后来被换成了560块英镑，这在当时而言，是非常大的一笔财产。科顿·马瑟建议将学院的名字改为“耶鲁学院”，以表示对伊利胡·耶鲁的谢意，并希望透过此举让伊利胡·耶鲁给予更多的捐赠。